Početkom 1997. godine Riblja čorba je održala turneju pod nazivom "Po slobodnim gradovima Srbije" koju je završila sa dva koncerta na Tašmajdanu. Iste godine su objavili su kompilaciju "Treći srpski ustanak" na kojoj je izbor političkih pesama nastalih tokom čitave karijere. Od ranije neobjavljenih materijala na kompilaciji su se našle "Snage opozicije" i "Volim i ja vas" nastala tokom građanskog protesta u zimu 1996/1997.
1997. objavljen je i album "Nojeva barka" sa pesmama “16 noći”, “Gde si”, “Nojeva barka” itd. Ovaj i sledeći album, "Pišanje uz vetar" ostavili su nešto dublji trag kod publike u odnosu na albume objavljene u ratnim godinama.
Nakon vanrednih parlamentarnih izbora 28. decembra 2003, Bora Đorđević je 2004. kao član Demokratske stranke Srbije imenovan za pomoćnika ministra kulture, ali je primoran da podnese ostavku 2005, nakon što je optužio novinara televizije B92 za špijunažu i anti-srpsku politiku.
Krajem 2005. i početkom 2006. grupa je snimila novi album, ali ovoga puta on je zamišljen kao trostruki CD, i to tako da se diskovi objavljuju jedan po jedan. Prvi disk se zvao "Nevinost bez zaštite" i sadržao je četiri pesme, od kojih je pesma "Dijabola", drugi disk trilogije zvao se "Devičanska ostrva" i sadržao je pet pesama, od kojih se "Pandorina kutija" pojavila i u filmu "Uslovna sloboda". Treći disk, "Ambasadori loše volje", bio je planiran za proleće 2006., ali je izašao dosta kasnije.
Riblja čorba je 10. marta 2007. godine održala koncert u Beogradskoj Areni.
