Klub se osniva 1899. godine pod imenom Milan Cricket and Football Club od strane engleza Alfreda Edvardsa i u njegovu čast klub dobija ime Milan, kako ga Englezi zovu, a ne Milano. Biraju se crveno-crni dresovi, da bi se istakla želja, žestina i velika borbenost ekipe. Prvi trofej po nazivu Medaglia del Re osvaja se 1900., dok se prva titula prvaka osvaja već 1901. godine. 1908. godine jedan dio kluba, nije hteo priznati italijansku dominaciju u njemu i odvaja se, pa tako postaje FK Internacionale (Inter Milan), Milanov najljući i najveći protivnik. Posle Prvog Svetskog Rata, počinje period stagnacije i loših rezultata, koji se tek uspevaju popraviti u krajem 40-tih godina i onda započinje Milanova "prva zlatna era". Milan osvaja titulu posle 44 godine predvođeni trojicom Šveđana: Gunar Grenom, Gunar Nordalom i Nils Lidholmom. Posebno se istakao Gunar Nordal, sa 35 golova u sezoni 49/50 tj. rekordom koji još nije nadmašen. Milan postaje šampion i 1955., 1957. i 1959. Postaju prvaci takođe i 1962. godine kada je bio trener Nereo Roko, tvorac legendarnog stila igre Katenaća. Najveće zvezde u tom periodu su bila dva Italijana Đani Rivera i Hoze Altafini. Međutim posle toga klub se nalazi opet kako u finansijskim tako i u rezultatskoj krizi, dok njihov gradski protivnik Inter doživljava najveće uspehe. 70-tih godina osvajaju 3 nacionalna kupa i 2 kupa pobednika kupova, ali glavni cilj je 10-ti skudeto koji bi doneo prvu zvezdicu iznad grba ekipe.Ipak, svoju prvu zvezdicu dobijaju 1979. godine, kada im je taj trofej doneo izvanredni Đani Rivera. Međutim u sezoni 79/80, kod Milana i Lacija se utvrđuje da su neke mečeve nameštali i kažnjavaju ih putem u Seriju B. Milan se odmah poslije godinu dana vraća u Seriju A, međutim očajnim igrama te sezone, opet doživljavaju katastrofu i sele se u niži rang.

Berluskonijeva era

Nakon velikih poteškoća, 1986. godine klub kupuje tada poznati industrijalac Silvio Berluskoni, i počenje da pravi poteze koje će Milana vratiti na staru stazu slave. Jedan od najboljih je dovođenje tada mladog trenera Ariga Sakija, ali i sjajnog holadskog tria u kome su bili: Rud Gulit, Marko Van Basten i sadašnji trener Barselone Frenk Rajkard. Od italijanskih igrača dolaze Karlo Anćeloti, Roberto Donadoni i Đovani Gali. Prvaci postaju ubrzo 1987. godine, a godinu kasnije osvajaju i Kup Šampiona. Godinu kasnije isti kup opet brane, a i osvajaju u ve godine i dva interkontinentalna kupa. Ariga Sakija mijenja Fabio Kapelo, sa koji Milan osvaja titule od 1992. do 1994. godine, napravivši sezonu bez poraza. 1994. osvajaju još jedan Kup Šampiona u legendarnoj utakmici sa Barselonom kada je rezultat bio 4:0 u korist roso-nera. Okosnicu toga tima činili su: Žorž Vea, Dejan Savićević, Roberto Bađo, Zvonimir Boban, Alesansro Kostakurta, te harizmatični kapiten Paolo Maldini. Naokon toga uslijedio je period osrednjih rezultat bez trofeja, međutim ubrzo klub u sezoni 1998/1999 kada su ih svi videli bez šansi osvaja

titulu šampiona Italije. 2003. godine postaju opet Šampioni Evrope, osvajaju Ligu Šampiona, tj. nekadašnji Kup Šampiona predvođeni Andrijem Ševčenkom, Rui Kostom, Filipom Inzagijem, Andreom Pirlom i drugim.