| LAZIO | INTER |
Stanković je uspeo da stekne poverenje trenera Svena Gorana Eriksona i već na debiju protiv Pjačence Stanković je postigao pogodak. Izborio je mesto u startnoj postavi u konkurenciji Pavela Nedveda, Serđa Konsisaoa, Ivana de la Penje i Matiasa Almeide. Ipak, moćni Laciov tim je u poslednjem kolu prepustio titulu Milanu, ali je uspeo da osvoji poslednji Kup pobednika kupova 1999. pobedom na Majorkom i Superkup Evrope pobedom nad Mančester junajtedom. Stanković je na 41 utakmica za Lacio postigao 9 golova. Ipak, Lacio je sledeće sezone uspeo da osvoji titulu nakon 26 godina čekanja.
Nakon odlaska trenera Eriksona na mesto selektora Engleske početkom 2001. i dolaska novog trenera Dina Zofa, Stankovićeva forma je počela da slabi. Novi trener Fiorentine Roberto Manćini je želeo da dovede u tim Stankovića i Mihajlovića, ali do toga nije došlo. Zof je podneo ostavku zbog loših rezultata na početku sezone 2001/2002, a zamenio ga je Alberto Zakeroni. Lacio je tih sezona bio u finansijskim problemima zbog skandala sa glavnim sponzorom prehrambenom kompanijom Ćirio, a takođe je patio zbog loših poslovnih poteza, kao što je dovođenje Španca Gaiske Mendijete. I dok je klub beležio loše rezultate, Stanković je iskoristio poverenje Zakeronija i postigao nekoliko važnih golova.
I kod novog trenera Lacija Roberta Manćinija Stanković je bio standardan prvotimac i postigao je 8 golova na 38 utakmica. Prvi deo sezone 2003/2004 je igrao za Lacio na 27 utakmica i postigao 4 gola. Pošto su svi finsnsijski jači timovi u Italiji znali da će finansijski oslabljeni Lacio morati pustiti Stankovića pre ili kasnije, nekoliko klubova se borilo da ga dovedu u svoje redove. Torinski Juventus je bio vrlo zainteresovan za Stankovića i on je bio blizu prelaska u klub, ali se na kraju odlučio za Inter, verovatno zato što je Roberto Manćini u januaru postao trener tog kluba, i potpisao je ugovor na četiri godine.
Dolazak Stankovića i Adrijana je popunio prazninu koja je nastala odlaskom Ernana Krespa i Klarensa Sedorfa. Prvi meč za Inter Stanković je odigrao 1. februara 2004. protiv Sijene (4:0), a prvi gol je postigao 21. februara 2004. u porazu od gradskog rivala Milana 3:2. Ukupno je dao 4 gola na 14 utakmica u prvenstvu i 2 u kupu. Inter je tu sezonu završio na 4. mestu i izborio plasman u Ligu šampiona, uz samo jedan poen više od petoplasirane Parme.
Sledeće sezone Inter je završio na trećem mestu, uz 18 pobeda i čak 18 nerešenih susreta, uz samo dva poraza. Ipak, klub je uspeo da osvoji Kup Italije, pobedom na Romom u finalu. Stanković je postigao ukupno 6 golova na 47 utakmica odigranih za Inter te sezone.
Inter je konačno osvojio skudeto sledeće sezone, nakon što je Juventusu oduzeta titula zbog skandala sa nameštanjem utakmica. Klub je odbranio i kup, opet pobedom nad Romom. Dejan je uspesima Intera doprineo sa 6 golova na 38 utakmica.Na Svetskom prvenstvu 2006. u Nemačkoj, Dejan Stanković se uklopio u sivilo tima koji je zauzeo razočaravajuće poslednje mesto. Nakon prvenstva novi selektor Havijer Klemente je izvršio smenu generacije, a Stanković je postao prvi kapiten Srbije, nakon razlaza Srbije i Crne Gore. Prvu utakmicu kao kapiten je imao u pobedi nad Republikom Češkom 31. avgusta 2006 godine. 3:1 u gostima, koja je bila organizovana kao oproštaj njegovog bivšeg saigrača Pavela Nedveda.
Kako je Juventus bio prebačen u Seriju B, a najveći rival Milan je bio kažnjen oduzimanjem 8 bodova pre početka prvenstva 2006-07, Inter je bio glavni favorit za osvajanje Skudeta. Pojačan Zlatanom Ibrahimovićem, Inter je bio ubedljiv i postavio je novi rekord u italijanskom fudbalu sa 17 uzastopnih pobeda. Stanković je na 45 utakmica postigao 16 golova, uključujući i oba gola protiv Katanije u Interovoj seriji pobeda. Novi ugovor sa Interom je potpisao 2. februara 2007, po kom bi Stanković ostao u klubu do 2010.
Inter je po drugi put odbranio titulu u sezoni 2007/2008. Međutim, odlaskom trenera Roberta Mančinija i dolaskom novog trenera Žozea Murinja, nastavak Stankovićeve karijere u Interu je pod znakom pitanja. Tokom leta, Stanković je pregovarao sa Juventusom oko transfera, ali do prelaska u Juventus nije došlo zbog protivljenja Juventusovih navijača njegovom dolasku i nedolasku Frenka Lamparda u Inter.