Igra je smjestena u 1964. godinu i kao glavni junak se javlja Naked Snake(Big Boss).On je poslat u sovjetsko utvrdjenje Groznyj Grad da bi spasio ruskog naucnika dr Sokolova,koji je osmislio oruzje pod imenom Shagohod,koji predstavlja protopip Metal Gear-a.Snake se susrece sa svojim prijasnjim mentorom Bossom i njenom Cobra jedinicom,koji su presli na sovjetsku stranu, i pukovnikom Volginom,koji sve kontrolise,i uspjesno ih sve eliminise ispunjavajuci svoj zadatak.
U ovom dijelu se govori o besmislenosti Hladnog rata i rata uopste kroz brojne primjere, koji u sebi uvijek nose elemente rata i dovode iskljucivo do smrti junaka.
